1964年5月，撤销赣南行政公署，成立赣州专员公署，驻地与辖县如旧。
1967年1月，赣州专员公署被赣州地区革命造反总指挥部非法夺权；同年9月，成立赣州专区临时领导小组。
1968年2月，成立赣州专区革命委员会；1971年1月，改名为赣州地区革命委员会。1978年8月，撤销赣州地区革命委员会，设立赣州地区行政公署。1983年10月，广昌县划归抚州地区管辖。1990年9月，成立赣州经济技术开发区，直属赣州地区，1991年12月，改称赣州黄金岭经济技术开发区，隶赣州市。1994年5月，经国务院批准，撤销瑞金县，设立县级瑞金市。1995年3月，国务院批准南康撤县设市，南康市为县级市。1999年2月，经国务院批准同意，决定撤销赣州地区和县级赣州市，分别设立地级赣州市和市辖章贡区。南康市、瑞金市由省直辖，赣州市代管。
1999年7月，黄金岭经济技术开发区上划隶属地级赣州市；10月与赣州市高新技术产业开发区合并，成立赣州黄金开发区。2004年6月，赣州黄金开发区更名为赣州经济技术开发区。2008年11月，赣州经济技术开发区更名为赣州开发区。2009年2月，分出章贡区湖边镇、南康市潭口镇划归赣州开发区管辖，赣州开发区辖蟠龙、潭东、湖边、潭口四镇和黄金岭街道办事处。2013年10月，经国务院批准，同意撤销南康市，设立市辖南康区。南康区三江乡的解胜、博罗、筱坝三个行政村划归潭东镇管辖。南康区潭口镇的下坝、金塘、台头、村头四个行政村划归南康区龙岭镇管辖。潭东镇、潭口镇划归章贡区管辖。
2016年10月，经国务院批准，同意赣县撤县设区为赣县区，以原赣县的行政区域为赣县区的行政区域。2016年3月，赣州蓉江新区获批成立，2017年5月正式挂牌。蓉江新区是赣州市成立的城市新区，是赣州市政府派出机构，为正县级建制。管理区域范围：北起上犹江（凤岗至蟠龙段），南至潭口镇上元村，西起蓉江（潭口龙岭交界段），东至章江，包括潭东镇、潭口镇全域，以及蟠龙镇武陵村、坝上村、当塘村、虎形村、箩渡村等5个行政村全域（含黄金村位于坝上村的部分土地），黄金岭街道办事处坪路村、新路村等2个行政村全域。2017年年底，赣州市辖3个区，14个县，代管瑞金1个县级市，有284个乡镇、7个街道办事处。另有管理国家级经济技术开发区等